MDaemon Webmailには、機能の動作をカスタマイズするための多くの設定があり、以下で説明するページに分類されています。一部のページは一方のテーマでのみ利用でき、メールサーバの構成やアカウントの権限によっては利用できないページもあります。WorldClientテーマでは、右上隅にある設定（歯車）アイコンをクリックして設定パネルを開き、項目をクリックしてその設定を開きます。Proテーマでは、設定は、左側にサブページの一覧があるページです。
設定の検索
設定は名前で検索できます。設定ページの上部にある検索オプションを使用します。探している設定やページの語句を入力し始めると、一致する設定へのリンクの一覧が表示されます。
初期設定
初期設定ページでは、言語、タイムゾーン、テーマを選択したり、メッセージリスト、メッセージ、連絡先の表示方法など、Webmailのその他の多くの設定を行ったりできます。WorldClientテーマでは、サインイン時にWebmailが開くページ（デフォルト表示）、スタイル、ダークモード、フォント、キーボードショートカットの設定も含まれます。Proテーマでは、ブラウザ内インスタントメッセージ機能を表示するかどうかも設定できます。
チャット
WebmailのWorldClientテーマで、アカウントでチャットが有効になっている場合に利用できます。チャットページでは、入力中の状態の表示、Enterキー、配信確認と開封確認、メンションの通知、メッセージの書式設定、その他のチャットオプションを設定できます。
セキュリティ
セキュリティページでは、パスワードの変更、パスワードを忘れた場合にWebmailにサインインするためのリカバリーメールアドレスの設定、サインイン用のパスキーと2段階認証（2要素認証）の設定、Appパスワードの管理を行えます。また、Webmailのサインイン履歴も表示されます。
通知
これらの設定では、新着メール、予定と仕事のリマインダー、チャットメッセージに対してWebmailが表示するデスクトップ通知、再生するサウンド、リマインダーのオプションを選択します。
作成
メッセージの作成方法をカスタマイズするには、作成ページを使用します。デフォルトのFromアドレス、送信したメッセージのコピーを送信済みフォルダに保存するかどうか、カスタマイズした署名などを設定できます。
雛形メッセージ
雛形メッセージ機能を使用すると、よく使うメッセージをあらかじめ作成しておいたり、メッセージに挿入する定型の文章を作成しておいたりできます。
自動応答
自動応答ページでは、受信したメッセージへの応答として自動的に送信されるメールメッセージを設定できます。たとえば、休暇中であることを送信者に知らせることができます。
フォルダ
フォルダページでは、フォルダの管理、フォルダリストやお気に入りに表示するフォルダの選択、下書き、送信済み、ゴミ箱に使用するフォルダの選択、その他のフォルダ関連オプションの設定を行えます。
フィルタ
アカウントでフィルタの使用が許可されている場合は、メッセージの内容、送信者や受信者、サイズなどの条件に基づいて、メッセージを特定のフォルダに自動的に振り分けたり、別のメールアドレスに転送したり、削除したりできます。
予定表
設定の予定表ページでは、デフォルトの予定表の表示（週間表示や月間表示など）、日付の形式、営業時間、リマインダー、会議の招待状、Free/Busyのオプションなどを設定します。
メールボックス
メールボックスページへのアクセス権が付与されている場合は、ほかのメールサーバにある自分のアカウントからメールを収集できます。
列
WebmailのProテーマで利用できます。列ページでは、メッセージリスト、連絡先、仕事、メモ、ドキュメントに表示する列の種類と順序を管理します。WorldClientテーマでは、ページの表示中にツールバーの
列アイコンをクリックして列を管理します。
カテゴリー
カテゴリーページでは、メールメッセージ、連絡先、仕事、メモに割り当てることができるカテゴリを管理します。カスタムカテゴリを追加したり、既存のカテゴリを編集または削除したり、カテゴリに関連付けられた色を変更したり、カテゴリを並べ替えたりできます。
クラウドアプリ
サーバで許可されている場合は、クラウドアプリページで、WebmailをDropbox、Googleドライブ、またはMicrosoft OneDriveのアカウントに接続できます。接続すると、メッセージの添付ファイルをクラウドストレージに保存したり、クラウドストレージにファイルをアップロードしたり、メールと並べてクラウドフォルダを参照したりできます。
MDaemon Instant Messenger
MDaemon Instant Messenger（MDaemon IM）は、MDaemon Instant Messengerページからダウンロードしてコンピュータにインストールできるデスクトップアプリケーションです。同じメールサーバを使用しているほかのMDaemon IMユーザーとやり取りできるインスタントメッセンジャープログラムです。また、タスクバーのMDaemon IMアイコンから、メールアカウントの新着メールを監視したり、新しいメッセージが届いたときに通知したり、フォルダごとのメッセージ数を表示したり、ブラウザでWebmailを開いたりすることもできます。MDaemon Instant Messengerの詳細については、ダウンロードしてインストールした後に、そのオンラインヘルプを参照してください。
MDaemon Connector
MDaemon Connectorは、ダウンロードしてインストールできる別のプラグインで、Microsoft OutlookとMDaemon Webmailの間で連絡先、予定表の予定、仕事、メモなどを同期できるようにします。MDaemon Connectorは、すべてのユーザーが利用できるわけではありません。このプラグインにアクセスできない場合、Webmailの設定にMDaemon Connectorのリンクは表示されません。
詳細設定
一部のユーザーは、MDaemon Remote Administration（MDRA）インターフェイスを通じて、メールサーバの設定にさらにアクセスできる場合があります。これにより、Webmailでは管理できないメール設定の高度な部分について、MDaemonメールサーバの処理方法を変更できます。MDRAにアクセスできる場合は、詳細設定リンクをクリックすると、MDRAが新しいブラウザのタブまたはウィンドウで開きます。
ウェルカムツアーを再表示する
WebmailのWorldClientテーマでは、設定パネルの下部にあるウェルカムツアーを再表示するをクリックすると、ウェルカムツアーをもう一度順に表示できます。
